Музей природи природного заповідника "Медобори" заснований у 1998 році. Розташований на другому поверсі адміністративної будівлі заповідника у пристосованому приміщенні, площею 30м2 (смт Гримайлів). На сьогодні в музеї знаходиться близько 540 експонатів, з яких налічується понад 130 експонатів хребетних тварин: риб, земноводних, плазунів, птахів, ссавців, а також гнізда птахів та ссавців, колекція деревних та кущових порід, зразки грибів, об’ємний гербарій рослин, колекція викопних порід, археологічна експозиція, 13 стендів: гербарні зразки мохів, лишайників, рослин, експозиція комах та світлини рідкісних видів рослин. В експозиціях виділено розділи: Геологічна будова та історичні особливості утворення Товтр, Рослинний світ заповідної території, Тваринний світ заповідної території, Червонокнижні види рослин та тварин, Видове багатство лісів заповідника, Історико-культурні та природні пам’ятки території заповідника. Опудала, представлені у Музеї природи, виготовлені співробітниками науково-дослідного відділу заповідника Я.І. Капелюхом, А.І. Капустинським та І.П. Добриводою. Від самого початку організації експозицій дотримується принцип формування зоологічної колекції хребетних тільки з мертвих тварин, знайдених на території та в околицях заповідника. Музей є багатофункціональною науково-дослідною та освітньою одиницею у складі природного заповідника "Медобори". Його потенціал використовується для здійснення природничої освіти, просвітницької й профорієнтаційної роботи серед відвідувачів. Діяльність музею забезпечується співробітниками сектору еколого-освітньої роботи та науково-дослідного відділу заповідника.